La Fondazione Roma Sapienza è un'entità indipendente e autonoma rispetto all'Università. La sua mission istituzionale è promuovere le attività di ricerca e di formazione della Sapienza, sostenendo in particolare gli studenti e i giovani studiosi meritevoli con borse di studio e premi. La Fondazione gestisce lasciti e donazioni e organizza le associazioni degli alumni e degli ex docenti della Sapienza.
Le attività scientifiche della Sapienza sono inoltre sostenute, nell'area disciplinare delle scienze pasteuriane, dall'Istituto Pasteur - Fondazione Cenci Bolognetti.
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