L'invenzione consiste in un metodo per l’ottimizzazione della produzione biologica di idrogeno gassoso e di acidi grassi volatili (VFA) mediante il processo di digestione anaerobica a fasi separate. Tale ottimizzazione è ottenuta controllando il pH del mezzo di reazione nel reattore di fermentazione attraverso il ricircolo del digestato in uscita dal reattore di digestione. Il rapporto di ricircolo viene gestito da un algoritmo che attraverso degli input provenienti da sonde presenti all’interno dei due reattori stabilisce in modo automatico la portata di ricircolo per il mantenimento del pH nel reattore di fermentazione ad un valore prossimo a quello ottimale ed al contempo impedisce un accumulo eccessivo di ammoniaca nel sistema.