Il Dottorato di ricerca in "Scienze Farmaceutiche" si focalizza principalmente su tre aree interconnesse, tutte di natura prevalentemente chimica: a) sintesi di nuove sostanze con azione farmacologica (o estrazione di principi attivi da fonti naturali e studio della loro struttura), nonché sviluppo di processi sintetici innovativi per la preparazione di sostanze biologicamente attive; b) studio della formulazione mirato a ottimizzare l'azione terapeutica, ridurre gli effetti collaterali, modificare il rilascio del farmaco dalla forma farmaceutica, migliorare il "targeting" del farmaco e la "compliance" del paziente, c) procedimenti analitici innovativi per la determinazione qualitativa e quantitativa dei componenti del medicamento e delle matrici alimentari; identificazione e dosaggio delle impurità e dei prodotti secondari. Il Dottorato di ricerca in "Scienze Farmaceutiche" copre pertanto sia l'ambito specifico delle tecnologie farmaceutiche, sia quello dei processi chimici innovativi. L'obiettivo del dottorato è di sviluppare le conoscenze e le esperienze dei dottorandi in questi settori, con una prospettiva di possibile inserimento nell'industria farmaceutica come personale altamente qualificato o nelle strutture di ricerca pubbliche o private. Ogni dottorando, assistito da uno o più docenti della Facoltà, segue un percorso formativo individuale e si specializza in un singolo settore tramite il lavoro di tesi sperimentale. Tuttavia, grazie a scambi di informazioni coordinati (lezioni, seminari, scuole per dottorandi in Scienze Farmaceutiche, con obbligo di partecipazione definito dal regolamento del dottorato), lo studente riesce ad ampliare le proprie competenze anche in campi non direttamente collegati al lavoro di ricerca per la tesi. Per completare la formazione, sono organizzati cicli di conferenze tenute da esperti provenienti dall'Università, dall'industria farmaceutica, dal Ministero della Salute e dall'Istituto Superiore di Sanità. Negli ultimi anni i vari relatori si sono soffermati prevalentemente sulle norme di buona fabbricazione dei medicinali (GMP) e sulle modalità per l'ottenimento dell'autorizzazione all'immissione in commercio (AIC) dei medicinali. I dottorandi, inoltre, sono tenuti a effettuare seminari sugli argomenti oggetto delle loro ricerche almeno una volta l'anno. I dottorandi devono inoltre presentare seminari sugli argomenti delle loro ricerche almeno una volta l'anno. Il Collegio dei docenti favorisce le esperienze presso Università straniere sia per seguire corsi specifici sia per sviluppare l'attività di ricerca. Sono anche incoraggiati stages formativi presso industrie del settore.